Trong những năm qua, việc vận hành các hồ chứa theo quy định của Quy trình vận hành liên hồ chứa đã đạt được những kết quả quan trọng, giúp cắt, giảm lũ cho hạ du vào mùa lũ và điều tiết nước cho sản xuất và sinh hoạt vào mùa cạn. Tuy nhiên, quá trình vận hành cũng bộc lộ những tồn tại, hạn chế nhất định, hiện đang được Bộ TN&MT tiếp tục nghiên cứu, điều chỉnh.