Theo đó, tập trung phục hồi hệ sinh thái đặc thù (san hô, thảm cỏ biển) và giám sát đa dạng sinh học, môi trường trong Khu bảo tồn; thiết lập rạn nhân tạo làm nơi sinh sản, sinh trưởng của các loại thủy sinh có giá trị kinh tế, khoa học, du lịch, giải trí; du nhập, nuôi trồng các loại giống bản địa có giá trị kinh tế cao nhưng đã bị khai thác cạn kiệt như: trai tai tượng khổng lồ, trai ngọc, hải sam, bào ngư… và tiếp nhận và phát triển kết quả của các dự án, công trình nghiên cứu khoa học được thực hiện tại Khu bảo tồn biển Lý Sơn và Khu bảo tồn khác.
Bên cạnh đó, tổ chức lớp tập huấn, tuyên truyền, phổ biến các quy định hiện hành của nhà nước liên quan đến công tác bảo tồn biển, làm cho cán bộ, nhân dân huyện Lý Sơn và du khách đến Lý Sơn thấy được giá trị, tầm quan trọng của việc bảo tồn đa dạng sinh học, cảnh quan môi trường trong phát triển kinh tế, xã hội để nâng cao ý thức bảo vệ. Sưu tầm và trưng bày tiêu bản các loại thủy sản có giá trị kinh tế, khoa học và lịch sử của vùng biển Lý Sơn để phục vụ việc tuyên truyền giáo dục nâng cao nhận thức cộng đồng, phát triển du lịch.
Ngoài ra, đào tạo nghề, hỗ trợ chuyển đổi nghề cho ngư dân bị ảnh hưởng khi triển khai thực hiện Quy chế quản lý Khu bảo tồn biển Lý Sơn, xây dựng các mô hình quản lý nguồn lợi thủy sản dựa vào cộng đồng; triển khai các hoạt động tạo sinh kế, cải thiện đời sống, nâng cao thu nhập cho cộng đồng sống trong và xung quanh Khu bảo tồn… với tổng kinh thực hiện hơn 42 tỷ đồng (từ nguồn ngân sách Trung ương, địa phương) và các nguồn khác.
Khu bảo tồn biển Lý Sơn rộng 7.925ha. Trong đó, vùng bảo vệ nghiêm ngặt rộng 620ha, vùng phục hồi sinh thái rộng trên 2.000ha và còn lại là vùng phát triển.
