Ngày 12/9/2003, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Sơn La được thành lập theo Quyết định số 145/2003/QĐ-UBND của UBND tỉnh, trên cơ sở hợp nhất tổ chức của Sở Địa chính và các tổ chức thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên nước, khoáng sản, môi trường thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT, Sở Công nghiệp, Sở Khoa học Công nghệ và Môi trường.
