Ban Chỉ đạo Trung ương Chương trình mục tiêu quốc gia phát triển kinh tế-xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021-2030 chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Thủ tướng Chính phủ trong việc quản lý, điều hành và tổ chức thực hiện Chương trình và một số nội dung của Đề án.