Thực hiện nhiệm vụ này, Bộ NN&PTNT đã triển khai rà soát, bổ sung và xây dựng mới các văn bản quy phạm pháp luật về bảo tồn, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản; tập trung vào Luật Thủy sản sửa đổi và hệ thống các văn bản hướng dẫn thực hiện Luật. Đẩy mạnh truyền thông tới cộng đồng về công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản, bảo vệ môi trường, chống khai thác bất hợp pháp …
Xây dựng và đưa hệ thống các khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa đi vào hoạt động có hiệu quả theo Quyết định 742 và Quyết định 1479 của Thủ tướng Chính phủ. Đề xuất bổ sung đảo Thổ Chu (tỉnh Kiên Giang) vào mạng lưới khu bảo tồn biển Việt Nam.
Đặc biệt, với những thông tin, dữ liệu thu thập được từ điều tra cơ bản nguồn lợi thủy sản, Bộ NN&PTNT đã triển khai hàng loạt các giải pháp tái tạo nguồn lợi thủy sản, bảo vệ môi trường sống của các loài thủy sản một cách hiệu quả; khôi phục các hệ sinh thái đặc thù như rạn san hô, thảm cỏ biển, rừng ngập mặn đang bị suy thoái; trước mắt, tập trung vào dự án khôi phục các hệ sinh thái tại 4 tỉnh miền Trung. Thiết lập vùng cấm, hạn chế khai thác để bảo vệ các bãi đẻ, bãi giống tiềm năng đã được xác định như: Khu vực Vịnh Bắc Bộ đề xuất cấm khai thác từ tháng 3 đến tháng 4; Khu vực miền Trung: cấm khai thác từ tháng 4 đến tháng 5; Khu vực Đông và Tây Nam Bộ: cấm khai thác trong khoảng cuối tháng 4 đến hết tháng 5.
Cần thiết phải quy hoạch, thiết lập các khu bảo vệ nguồn giống thủy sản và xây dựng các chính sách để triển khai các khu bảo vệ nguồn giống thủy sản hiệu quả. Một số khu vực tiềm năng đã có những phát hiện cụ thể, đó là: Cô Tô - Vân Đồn; Cát Bà - Long Châu; Cửa Ba Lạt; Hòn Nẹ. Khu vực Cửa Gianh, Đảo Cồn Cỏ, Cửa Thuận An, Lăng Cô. Khu vực Vịnh Nha Trang, Vịnh Vĩnh Hy. Khu vực Cửa Đại, Cửa Hàm Luông, Cửa Cổ Chiên, Cửa Định An - Cửa Trần Đề. Khu vực Bãi bồi Ngọc Hiển, Vịnh Rạch Giá - Mũi Nai, Phú Quốc.
Đồng thời, Dự án đề xuất cần thiết áp dụng các kỹ thuật, công nghệ giảm thiểu xâm hại nguồn lợi của các loại nghề khai thác hải sản. Áp dụng các biện pháp thoát cá con, thoát rùa (đụt lưới mắt vuông, thiết bị thoát rùa) của một số nghề khai thác chủ động (lưới kéo đáy, lưới vây, chụp, vó mành) để giảm thiểu đánh bắt các nhóm cá thể chưa trưởng thành. Tăng cường công tác điều tra, nghiên cứu nguồn lợi hải sản; tập trung thực hiện công tác điều tra, đánh giá nguồn lợi ở các vùng biển, xác định các ngư trường trọng điểm và đối tượng khai thác làm căn cứ để đưa ra định hướng phát triển đội tàu khai thác phù hợp.
Đề xuất tăng cường hợp tác quốc tế trong công tác điều tra, nghiên cứu nguồn lợi hải sản, quản lý các loài cá di cư, quản lý các khu bảo tồn biển, chống đánh bắt bất hợp pháp trên các vùng biển. Chủ động và tích cực tham gia với các tổ chức quốc tế có liên quan như: ASEAN, SEAFDEC, FAO, NOAA, WCPFC… để kêu gọi sự hỗ trợ về kỹ thuật, công nghệ cũng như kêu gọi nguồn tài trợ để phát triển nghề cá bền vững có trách nhiệm.
